◆インフルエンザの流行がさらに加速：インフルエンザの都道府県別の定点当たり報告数の第46週から第49週までの推移（国立感染症研究所のデータから）

　2019年第49週（12月2日～12月8日）の、インフルエンザの定点当たり報告数を国立感染症研究所が発表しています。

　第４６週から第４9週までの、都道府県別の「定点当たり報告数」を、色分け地図にしてみました。インフルエンザの流行がさらに加速していることがうかがえます。

　下記の地図はインフルエンザの「定点当たり報告数」を「7以上」「5以上」「3以上」「1以上」「１未満」の５段階で色分けしたものです。東北地方をはじめ、全国の広範囲で流行が加速してきている様子がわかります。

なお、最新の概況については、国立感染症研究所のこちらのページで報告されています。

※塗り分け地図作成の参考ページ：http://ds0.cc.yamaguchi-u.ac.jp/~fukuyo/r-map.html

↓「インフルエンザの定点当たり報告数」：15年から19年の各年の第36週から第49週にかけての週ごとの推移です。「R」によるRacing Barchart (レーシング・バーチャート、Bar Chart Race )です。アニメーションGIFです。特に、19年は、第47週あたりから急加速していることがわかります。

【Racing Barchart の「R」コードの例です】

gra <- ggplot(df_inftidy1,aes(x = year, group = year))+ geom_tile(aes(y=influ/2,height = influ,fill = year,width = 0.8)) +labs(x="year",y="インフルエンザ_定点当たり報告数",title="国立感染症研究所資料から：Week:{closest_state}")  + coord_flip() + theme_light() + theme(legend.position = 'none') + geom_text(x = 1 , y = 9,aes(label = weeks), size = 23, col = "navy")+ ylim(0,11) 

gra1 <- gra +

  theme( axis.title.x = element_text(colour="black", size=18),

         axis.text.x = element_text(colour="black", size=18), 

         axis.title.y = element_text(colour="navy", size=18), 

         axis.text.y = element_text(colour="black", size=18), 

         plot.title = element_text(colour="black", size=20, face="bold")) 

gra1 <- gra1 + transition_states(weeks)

animate(gra1, duration = 25)

＃gifとして保存

anim_save("influ.gif",gra1)

＃gifとして保存する別の方法

gganimate::animate(gra1, duration = 25, width = 720, height =480, renderer = gifski_renderer("anim.gif"))

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