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2020年4月16日木曜日

◆【新型コロナ】感染確認者数、死亡者数について、ECDCのデータを利用したダッシュボードです

COVID-19 Novel Coronavirus Transition Graphs DashBoard Doubling Time Chart ECDCのデータを利用したダッシュボードです。
※20201216 ECDCが12月14日のデータを最後に毎日のデータ更新を終了しました。今後は週報になるそうです。このダッシュボードも更新を終了しました。
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データポータルのダッシュボードです。 

すでに、ジョンズ・ホプキンス大学のデータを利用したダッシュボードを作成していますが、データのエラーが生じることがあるので、複数のデータソースがあった方がいいと思い、「プランB」として作成しました。国別のグラフなどが利用できます。

New:実効再生産数(Rt)の推定値のページを追加しています。70日分以上の感染確認者数のデータがある国について計算しています。プルダウンメニューで国ごとに表示できます。

 

【不具合など】
20200429 4月28日のスペインのデータが欠損しているようです。明日の更新を待ってみます。南ヨーロッパの感染確認者数が前日から20万人減少していたので気づきました。
20200430 4月29日のスペインのデータが欠損しています。スペインの28日のデータはあります。サイトの概要速報ページの上では、スペインの29日のデータは、28日と同じになっています。ECDCのデータに何かエラーが生じているようです。応急処置として、29日のスペインの新規数のデータを「0」とした1行を追加しました。
20200501 4月30日のスペインのデータが欠損しているので、スペインの0のデータを追加しています。遡って確認すると、4月26日付のデータからスペインの最新日付のデータが欠損しています。スペインについて、データの収集方法が変更になったということなのかもしれません。→ECDCに問い合わせたところ、返信がありました。「スペインでの報告の不一致と遅れは、専門家によっても指摘されており、現在、症例数の正確な報告を確実にする過程にあります。」ということで、今後変わる可能性もあるかもしれません。ECDCのデータは、日々の新規の数のデータなので、スペインのデータの収集が1日遅れの場合、「0」とはせずに、最新の日付については欠損にしているのではないかと思われます。
20200502 5月1日のデータには、スペインの同日付データも含まれていました。問題が解決したようです。ただし、4月30日のスペインのデータが欠損していたので、その欠損値に対して、感染確認者数、死亡者数とも0のデータを代入しています。
その後も、最新の日付のデータが欠損していたり、数日前のデータが欠損したり、一日分のデータが欠損している状態が続いています。
20200513 csv形式のデータが更新されず、更新されていたExcel形式データをダウンロードして処理しましたが、csv用の処理のままでは不具合がありました。今は解消されていると思います。なお、スペインのデータは今も最新の日付のデータが欠損しています。
20200525 イギリスの、最新の日付のデータが欠損しています。
20201216 ECDCが毎日のデータ更新を終了しました。今後は週報になるそうです。


◆【新型コロナ】ECDCのデータから国別の実効再生産数を計算するRのコード例です

↓ジョンズ・ホプキンス大学のデータを利用したダッシュボードはこちらです。



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【更新しました】新型コロナウイルス感染者総数の推移グラフ:Day level information on 2019-nCoV affected cases:死亡者数の増加ペースがSARSの場合よりかなり速いのが気がかりです - One of my favorite things is ...:楽天ブログ



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◆日本のインフルエンザ:「定点当たり報告数」データのまとめのダッシュボード : Influenza in Japan DashBoard:「都道府県別」のページを追加しました

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