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2020年2月16日日曜日

◆【COVID-19】国別、地域別の感染者数や死亡者数の時系列での推移をグラフで確認できる「DashBoard(ダッシュボード)」の試作です:新型コロナウイルスダッシュボード(Novel Coronavirus Transition Graphs DashBoard)

COVID-19 Novel Coronavirus Transition Graphs DashBoard World and US.Doubling Time Chart 【COVID-19】新型コロナウイルスの国別、地域別の感染者数の日ごとの推移を簡単に確認できるダッシュボードを試作しました(Data source : JHU CSSE csse_covid_19_time_series)。世界各国とアメリカの州別の情報が豊富です。国別のグラフが利用できます。
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※4月25日のデータ更新以降、データソースを、daily report から time_series のデータに変更しています。daily report の場合は、過去のデータの修正を反映する作業が簡単ではないためです。でも、フランスやニューヨーク州のデータを見ると、time_seriesのデータのメンテナンスは、あまりされていないようです。なお、アメリカの国全体のデータは、地域別データの合計の形にしているので、アメリカの「Recovered」の部分が欠けています。

JHU CSSEのダッシュボードは、地図が中心なので、時系列推移のグラフ中心のダッシュボードにしています。

グーグルの「データポータル」を利用したダッシュボードです。左下の部分、あるいはキーボードの「→」キーでページ移動ができます。

EdgeブラウザやIEブラウザなど、Chromeブラウザ以外での利用の場合はうまく表示されないことがあるようです。

↓左下の部分で、他のページに移動できます。「感染者数」や死亡者数の、国別・地域別の時系列の推移グラフが中心です。「倍加時間(doubling time)」など、新しい内容を随時追加しています。プルダウンメニューで国や州などを選択できます。
(COVID-19 Transition Graphs DashBoard : World and US)



NEW > 感染確認者数の倍加時間と感染確認者数の複合グラフのページを追加しました
NEW > アメリカの州別の日々の「感染者数」、死亡者数のページを追加しました。
NEW > 「日別の増加数(Daily New Cases , Daily New Deaths)」の表、グラフを追加しました。
NEW > 「倍加時間(doubling time)」の表、グラフを追加しました。「倍加時間(doubling time)」は、5日間の増加率を基に計算しています。
NEW > 「感染者数の100人目以降の経過日数」「死亡者数10人目以降の経過日数」のグラフを追加しました。
NEW > 実効再生産数(Estimated Reproduction Number)のページを追加しました。一定日数以上のデータがある国、地域に限っています。

【DashBoardの使い方】
・このページをリロードするとダッシュボードが更新されます。
・1ページ目上部の左側の「Country」あるいは右側の「Province.State」のプルダウンリストから「国」または「地域」を選択します。リストの項目の右側にマウスオーバーすると、「この項目のみ」と表示され、選択できます。複数選択もできます(他のページでは1項目のみ選択の場合もあります)。1項目のみ選択時に、その項目の左側にマウスオーバーして選択すると全項目選択に戻すことができます。なお、左側の「Country」と右側の「Province.State」は連動していません。1ページのグラフの下の表の数字は最新の数字になっています。
・左下の部分で、他のページに移動できます。キーボードの「→」キーでもページ送りができます。ページを随時追加しており、40ページ以上になっています。
・対数目盛のページもあります。
・棒グラフのページや地図グラフのページでは、国別のグラフをクリックすると、日別の推移の折れ線グラフの表示が絞り込まれます(「ctrlキー」を押しながらのクリックで複数選択可能)。
・アメリカの州別の推移グラフやコロプレス地図のページを追加しています。
・アニメーショングラフのページもあります。
・ダッシュボードの右下をクリックすると全画面表示にすることができます。
※「Johns Hopkins University CSSE」の「Covid19 Daily Reports」のデータを利用しています。

【不具合などの修正】
20200406 12:25:3月10日のイランの国名が他の日と異なっていたので不具合が生じていました。国名の列について、「str_replace_all(".*Iran.*","Iran")」で修正しました。
20200407 10:05:3月10日の「China SAR」の国名を「China」に修正しました。「Hong Kong SAR」を「China」に変更する際のミスでした。
20200414 10:30 4月13日の元データ(アメリカ・フロリダ州)に修正がありました。ダッシュボードに反映済みです。
20200415 10:30 現在、元データの4月14日のフランスの感染確認者数累計が前日を下回る数字になっていて、14日の増加分がマイナスになっています。現在、CSSEのダッシュボードでも前日差がマイナスになっています。WHOのデータを見てみましたが、WHOのデータとかなり違っていますね。JHU CSSEのデータには、「疑わしい症例」が含まれていて、14日からそれが除かれた、ということのようです。今のところ、さかのぼって修正されていないため、マイナスになっているようです。→ 複数のデータソースのデータが見られるように、ECDCのデータを利用した新たなダッシュボードを作成しました。
20200417 18:00 タイムシリーズデータが修正されていたので、そのデータに基づいて、フランスのデータを修正しました。4月4日~4月13日の感染確認者数のデータを修正しています。各日、2~3万人くらい数字が変更になっています。「日々の増加数に関連した部分」は未修正です。その部分は、明日の新データ追加時に修正する予定です。
20200418 09:55  フランスの「日々の感染確認者数の増加数」のデータを修正しました。
20200415 18:10 3月11日の日本の死亡者数を修正しました。3月9日の数字をデイリーリポートの数字のままににしていましたが、3月11日の1日あたり死亡者数がマイナスになっていたため、タイムシリーズデータの数字にしました。
20200425 データの更新時間が変更になっています。以前は、午前9時頃更新されていましたが、午後の更新に変更になっています。
20200426 22:20 データの更新時にエラーがあり、「日々の新規死亡者数」のデータに不具合がありました。現在、不具合は解消しています。
20200919 04:00 ロシア、スペインなど複数の国のデータが表示されないエラーを修正しました。Rのコードによる前処理で不具合が生じていたのを修正しました。データの欠損がなくなったので、世界全体計の数字も修正されました。

※国別、地域別の絞り込みは、「国名」「地域名」のテキストで行っているので、表記ゆれがあると不具合が生じます。例えば、「Singapore」では、日付によって末尾に半角スペースが入っている場合があったため、不具合が生じていました。他にもそのような不具合がある可能性がありますので予めご了承ください。不具合を見つけた場合、コメント欄にご記入いただけると助かります。また、こんなグラフや表があるといいのに、というご要望があればコメント欄にご記入ください。追加できるかどうかを検討します。



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当ブログのリンクはご自由にどうぞ。もし、楽天市場で何か買い物をされる場合は、下記のバナーなどをクリックしてから、買い物をしていただけると、試作ダッシュボードの運営を支援していただくことになります。当ブログはアクセス数が多くないので、AdSenseなどの対象外です。楽天アフィリエイトだけが運営の足しになっています。】




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【更新しました】新型コロナウイルス感染者総数の推移グラフ:Day level information on 2019-nCoV affected cases:死亡者数の増加ペースがSARSの場合よりかなり速いのが気がかりです - One of my favorite things is ...:楽天ブログ

​​​​​​​​​​​【グラフのデータは、Kaggleのバージョン7のデータにJohns Hopkins CSSEのデータシートの「2月6日13時」のデータを追加したものです。追加データのグラフでの日付は2月5日にしています。さらに、「2月6日20時」のデータを追加しました。それから、「2月7日22時」のデータも追加しました。】 

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◆日本のインフルエンザ:「定点当たり報告数」データのまとめのダッシュボード : Influenza in Japan DashBoard:「都道府県別」のページを追加しました ----------------------------------------------------------------------------------------
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2 件のコメント:

  1. こういうページはとても有難いと思います。早速FBで共有させていただきました。
    https://www.facebook.com/keisuke.oda.984

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    1. 試作段階ですが、できるだけ、JHUのデータ更新に合わせてデータを更新していきたいと思います。

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